ز زمان حکومت متوکل عباسی (۲۳۲–۲۴۷ ه‍.ق / ۸۴۷–۸۶۱ م). سیاست‌مدارای مأمون (۱۹۸–۲۱۸ ه‍.ق / ۸۱۳–۸۳۳ م). و خلفای پس از وی با شیعیان یکباره به کنار گذشته شد. در دوران متوکل به دستور او حرم حسین بن علی تخریب شد و امام دهم شیعه، هادی، به همراه فرزندش حسن عسکری از مدینه به سامرا فراخوانده شد تا تحت نظارت خلیفه باشد. متوکل از هیچ وسیله ممکن در آزار رساندن و بی‌احترامی به وی دریغ نمی‌کرد. گزارش‌ها حاکی از آن است که فشار شدیدی بر امامان در سامرا می‌آمد و شیعیان در عراق و حجاز در شرایط اسف باری زندگی می‌کردند. منتصر، پسر و جانشین متوکل این سیاست‌ها را برداشت و در نتیجه امام هادی آزادی بیشتری پیدا کرد. سیاست‌های متوکل در زمان مستعین (۸۶۲–۸۶۶ م). هم ادامه یافت. احتمالاً در این زمان بود که امام دهم شیعه عثمان بن سعید را به نمایندگی خود در عراق برگزید (که البته این نمایندگی در زمان امام یازدهم حسن عسکری نیز تأیید شد).[۹۱][۹۲] در دوران آخرین امامان شیعه، شبکه‌ای از وکلا شکل گرفته بود؛ البته این شبکه بیشتر از آنکه به مانند سایر شبکه‌های علوی آن زمان (اسماعیلیه، زیدیه، نوادگان حسن بن علی) به قصد برپایی قیام تشکیل شده باشد، کار گردآوری وجوهات دینی مانند خمس و زکات را انجام می‌داد.[۹۳]

به واسطه سیاست‌های اداری، مالی و نظامی متوکل از جمله ولخرجی فراوان، عدم ثبات مقامات اداری و تغییر مکان پایتخت به سامرا و نیز چرخش مذهبی وی به سمت حنابله، خلافت تضعیف شد و با قتل وی در ۲۴۷ ه‍.ق -۸۶۱ م توسط غلامان ترک زمینه زوال قدرت عباسیان فراهم شد.[۹۴] با وقوع جنگ داخلی در بغداد و سامرا طی یک دهه پس از مرگ متوکل که به کشته شدن چهار خلیفه انجامید، امپراتوری عباسی عملاً تکه‌تکه شد و سلسله‌های نسبتاً مستقلی توسط قدرت‌های نظامی محلی تحت عنوان «امیر» در جای جای سرزمین‌های اسلامی ظهور کردند. این سلسله‌های جدید مانند صفاریان، برخلاف امرای قبلی نظیر طاهریان در پی خودمختاری و مرکزگریزی بودند.[۹۵] شرایط سیاسی و مذهبی سال‌های آخر امامت حسن عسکری و نخستین دهه‌های پس از مرگ او —همزمان با خلافت معتمد عباسی (۲۵۶–۲۷۹ ه‍.ق /۸۷۶–۸۹۲ م). — بسیار پرچالش بود. این دوران به جهت سیاسی، مصادف بود با عصر ضعف خلافت عباسیان؛ بدین صورت آنان از اعمال مؤثر حاکمیت خود جز در بخش محدودی از سرزمین عراق ناتوان بودند. در این دوره، افراد مختلف در جای‌جای قلمرو عباسیان قیام کرده‌بودند و سرزمین مسلمانان دچار تجزیه سیاسی شده‌بود. معتمد عباسی، حسن عسکری را —که رقیبی بالقوه برای خلافت به‌شمار می‌رفت— در سامرا تحت نظارت و مراقبت قرار داده و او را حتی از ملاقات با پیروانش نیز بازداشته بود.[۹۶][۹۷] از سوی دیگر، معتمد عباسی، خود، تحت سلطه برادرش موفق بالله بود که فرماندهی سپاه را در اختیار داشت و دیوان را تحت تسلط داشت، به‌طوری‌که از ۸۸۲ عملاً خلیفه تحت اسارت خانگی قرار داشت و قدرتی نداشت.[۹۸] موفق و پسرش معتضد (خلافت از ۸۹۲ تا ۹۰۲ میلادی)، و فرزندان وی مکتفی (از ۹۰۲ تا ۹۰۸ میلادی) و مقتدر (از ۹۰۸ تا ۹۳۲ میلادی) موفق شدند با به‌کارگیری دستگاه دیوانی و قدرت نظامی، نهاد خلافت را احیا کنند. هرچند که سرزمین‌های تحت حکمرانی مستقیم آن محدود به عراق شده بود، آن‌ها توانستند با به‌کارگیری نیروی نظامی و دیپلماسی، به تدریج سلطه خود را بر مصرو غرب و مرکز ایران گسترش دهند. از دوره معتضد تا چند دهه بعد، دیوان عباسی تحت اداره خاندان شیعی آل فرات و خاندان تازه مسلمان آل جراح بود. رقابت این دو خاندان سبب شد دیوانسالاری عباسیان دچار فرقه گرایی شود.[۹۹]

طی دهه‌های پایانی سده سوم هجری که شیعیان عراق در بحران امامت به سر می‌بردند، جنبش‌های شیعی، بخصوص اسماعیلیه، در مناطق مختلف از جمله شمال آفریقا و شمال سوریه سر برآوردند. در این زمان دعوت اسماعیلیان فزونی گرفت و نهایتاً ابوعبدالله شیعی موفق شد در مغرب عربی پیروانی را جمع کند. در این زمان شخصی به نام سعید بن حسین، موسوم به عبیدالله مهدیادعای امامت کرد و ابوعبدالله شیعی به وی گروید. ابوعبدالله شیعی موفق شد در ۲۹۷ ه‍.ق /۹۰۹ م. افریقیه را تصرف کند. سپس، در همان سال عبیدالله مهدی منصب خلافت را برعهده گرفت و دولت فاطمیان را تأسیس نمود. اسماعیلیانی که خلافت فاطمیان را نپذیرفتند، جنبش قرمطیان را ایجاد کردند. از سوی دیگر، شیعیان زیدی در سال ۲۵۰ه‍.ق - ۸۶۴ م. دولتی را در طبرستان و در سال ۲۸۴ه‍.ق - ۸۹۷ م. دولتی را در یمن تأسیس کردند.[۱۰۰] در این دوره مکتب کلامی استدلالی ابوسهل نوبختی (زاده ۲۳۷ و درگذشته ۳۱۱ هجری قمری) در میان شیعه امامیه محوریت یافت و به تعالیم مذهب شیعه انسجام بخشید، که در سده بعد به مکتب کلامی شیخ مفید انجامید.[۱۰۱] <منبع ویکی پدیا>